แนวคิดพื้นฐานของเกษตรอินทรีย์คือ การทำการเกษตรแบบองค์รวม ซึ่งแตกต่างอย่างมากจากการทำเกษตรในปัจจุบัน ที่มุ่งเน้นการใช้ปัจจัยการผลิต ต่างๆ เพื่อเพิ่มผลผลิต เป็นการให้ความสนใจเฉพาะแต่ผลผลิตของพืชหลักที่ปลูก โดยไม่ได้คำนึงถึงผลกระทบต่อระบบนิเวศ แต่การทำเกษตรอินทรีย์ซึ่งเป็นการเกษตรแบบองค์รวมจะให้ความสำคัญกับการรักษาความสมดุลของทรัพยากรธรรมชาติและระบบนิเวศ โดยเฉพาะอย่างยิ่งการฟื้นฟูความอุดมสมบูรณ์ของดิน, การรักษาแหล่งน้ำให้สะอาด และการฟื้นฟูความหลากหลายทางชีวภาพ เพราะอาศัยกลไกและกระบวนการของระบบนิเวศในการทำการผลิต
rn
จากเหตุผลที่ได้กล่าวมาแล้วข้างต้น เกษตรอินทรีย์จึงไม่มีการใช้สารเคมีกำจัดศัตรูพืชและปุ๋ยเคมี เนื่องจากสารเคมีการเกษตรเหล่านี้มีผลกระทบต่อกลไกและกระบวนการของระบบนิเวศ นอกเหนือจากการปฏิเสธการใช้สารเคมีการเกษตรแล้ว เกษตรอินทรีย์ยังให้ความสำคัญกับการสร้างสมดุลของวงจรของธาตุอาหาร, การประหยัดพลังงาน, การอนุรักษ์ระบบนิเวศการเกษตร และการฟื้นฟูความหลากหลายทางชีวภาพ ซึ่งถือได้ว่าเกษตรอินทรีย์เป็นการบริหารจัดการฟาร์มเชิงบวก (positive management) และการจัดการเชิงบวกนี้เองที่ทำให้เกษตรอินทรีย์แตกต่างอย่างสำคัญจากการเกษตรที่ไม่ใช้สารเคมีแบบปล่อยปะละเลย หรือเกษตรปลอดสารเคมีและเกษตรไร้สารพิษที่เฟื่องฟูในบ้านเรามานานหลายปี
rn
ดังตัวอย่างเกษตรกรสมาชิกในเขตพื้นที่ จ.นครปฐม รายหนึ่ง “อนิรุทธ์ ขาวสนิท” หรือลุงเขียด ที่ปรึกษากลุ่มเกษตรกรพัฒนายั่งยืน ได้ทำการเกษตรกรแบบอินทรีย์ ทั้งทำนา พืชผักสวนครัว และพืชล้มลุกต่างๆ โดยใช้การบำรุงดินและการขับไล่แมลงจากวัตถุดิบอินทรีย์ ซึ่งพบว่าผลผลิตที่ได้เจริญเติบโตและ งอกงาม ลุงเขียดกล่าวว่า ในการทำเกษตรอินทรีย์ต้องใช้ใจในการทำ เกษตรอินทรีย์เป็นเกษตรที่แบ่งปัน ไม่ใช่เกษตรเพื่อธุรกิจ เป็นเกษตรแบบพอเพียง ทำเพื่อกิน นอกจากเพื่อกินแล้วสามารถทำเพื่อขายสร้างเป็นรายได้ ในช่วงแรกยังไม่มีและยังไม่รู้จักเกษตรอินทรีย์นัก แต่ในปัจจุบันการทำเกษตรแบบอินทรีย์เป็นที่นิยมอย่างแพร่หลาย ทำให้มีความยั่งยืนมากขึ้น เกษตรอินทรีย์จะยุ่งยากในเรื่องของการดูแลเพราะหลายคนยึดติดว่าจะต้องมีสารเคมีเข้ามาเพื่อให้ได้ผลผลิตที่ดี แต่ถ้าเราหันมามองในเรื่องของความยั่งยืน นั้น ปีแรก เราอย่าไปหวังผลในการทำเกษตรอินทรีย์ แต่เมื่อมีความชำนาญในการทำเกษตรแล้ว จะกลายเป็นว่า การทำที่ผ่านมาเหมือนเป็นทรัพย์สมบัติในดิน ที่ผ่านมาเราขุดสมบัติไปขายแล้วให้คนอื่นไปทำลาย วันนี้เองเรามีสมบัติ แต่ไม่รักษาสมบัติ แต่ถ้าเรากลับมาทำเรื่องอินทรีย์ เรารักษาทรัพยากรจากธรรมชาติทุกอย่างที่เคยหายไปให้คืนกลับมา
rn 
